随着干细胞研究的深入和完善，将使现有的医疗技术无法根治的疾病有了治疗甚至是治愈的可能性。当然，为了实现这一目标，还有许多问题需要解决，其相关的问题有以下几个方面。
a.增量
有关造血干细胞的体外扩增不仅在小鼠实验方面，在临床试验水平上也进行了大量的研究。例如，在脐带血应用的可行性方面就存在量的限制。脐带血具有即使HLA序列存在很大不同也能存活的特征，因此与骨髓移植、末梢血干细胞移植相比，有明显的移植优势。但是，脐带血可回收细胞数少，数量上的限制又引起移植后细胞容易死亡，限制了其作为移植来源的可行性.如果可以增加细胞数目，就可以使其适用性更广，应用更为安全。
通过人为地给予细胞因子、培养基的处理以及细胞外信号作用，细胞数量有增加至150倍的可能气此报道是基于患者进行细胞移植后，出现细胞增殖速度加，决这一事实。
b, 维持功能
通过小鼠造血干细胞移植实验可以发现，只是持续维持造血干细胞能力而不进行体外扩增，不能长期维持骨髓功能。根据之前介绍的脐带血体外增殖后移植的临床试验结果，移植了短期体外培养后的脐带血的患者无法长期维持高契合度。现阶段还没有在临床试验水平上长期功能维持的阶段性报告。但有报告显示，可以利用抑制剂进行体外扩增和维持功能，更为详尽的报告。
c.建立间期、分化间期、组织构建间期
建立诱导多能性干细胞的方法有很多种。最初的方法是利用逆转录病毒载体向基因组中插入外源性基因。之后出现了许多不向基因组插入的方法，但与逆转录病毒相比效率较低，无法实际应用。其后技术不断发展，出现了利用修饰mRNA的构建法'、利用仙台病毒载体的方法等8*,建立的效率问题得到了改善。但是，一般情况下至少需要2周左右的时间，同时，建立后还必须在维持细胞能力的同时增加细胞数，需要判断是否能分化为目的细胞，并需要进行安全性检查。虽然有可能进行三维构建，但需要充分考虑其必要性。在急性放射性损伤、大出血等紧急情况下没有时间准备自体iPS细胞，应该考虑建立异体细胞库的必要性必要时选择含有特定HLA序列的可用于临床应用的细胞株，省略建立及诱导间期直接进行异体移植，可以用于急性期的治疗。
d. 建立方法
采用病毒载体等对基因组的插入，对于依赖于多能性干细胞的再生医学究竟会带来什么样的影响现在还不得而知。但是大部分观点认为，不插入基因组的方法是最好的选择。应用其他方法，有可能会对建立的iPS细胞的性质产生影响：目前对这一争论还没有最终的答案，关于建立方法的不同是否影响效果这一点，还有待今后的验证帅。
e.安全性
安全性是应用于临床所必须保证的条件。多能干细胞有自身形成畸胎瘤的能力，残留未分化状态的细胞就意味着残留畸胎瘤的风险，利用逆转录病毒载体建立的iPS细胞，导入了外源性的基因，其表达可能不消失，或者在分化之时再次获得活性其结果是，有可能对于分化的指向性、致癌性等产生影响。
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